V kostele vysvěceném v říjnu 1774 stál na kůru původně větší nástroj z výše již zmíněné varhanářské dílny Rejna-Černý. Byl dokončen r. 1903 a vynikal brilantním zvukem. Počátkem listopadu 1919 ovšem podlehl požáru poté, co po dušičkové mši zůstala na kůru hořet jedna ze svíček. Kostel zachránili pohotoví modlešovičtí hasiči. Kůr byl rychle opraven, kostel vymalován a na nový nástroj se ve sbírce složilo široké okolí. Podařilo se tehdy (1920) vybrat úctyhodných 30 000 prvorepublikových korun.

Nové varhany na Podsrpu zhotovil roku 1924 plodný žižkovský varhanář Emanuel Štěpán Petr (1853-1930). Tento v pořadí již 217. Petrův nástroj více než citlivě zapadl do vrcholně barokního prostoru kostela. Je romantického typu s výrazovými možnostmi dechového i smyčcového orchestru v novobarokní stylové skříni.

Z kronikářských pramenů víme o několika dílčích opravách varhan, z nichž asi nejpovedenější byla práce protivínského varhanáře Eduarda Hubeného v květnu 1939. Již méně zdařilé byly dílčí opravy v 60. a 80. letech 20. stol. a nakonec i nákladná oprava roku 1997, která nezastavila aktivitu červotoče v dřevěných částech a nevyřešila ani ztráty tlaků v pneumatickém systému, což postupně vedlo k vyřazení klíčových rejstříků.